Для очистки от пыли воздух в пылесосе пропускается через воду, в результате чего имеющаяся в нем пыль остается в воде. Наиболее эффективный вариант в этом случае — когда воздух проходит через вспененную воду, благодаря чему степень очистки воздуха становится большей, чем в пылесосах с пассивными фильтрами. В некоторых моделях бытовых пылесосов THOMAS, представленных на официальном сайте в России, воздух просто под давлением проходит через воду — это значительно менее эффективно, чем ранее описанный способ.
Как показывает практика с водяной системой очистки эффективны только бытовые пылесосы, предназначенные для малого объема пыли (квартира, офис). Промышленные водяные пылесосы, предназначенные для уборки большого объема загрязнений, эффективно работают лишь в первые минуты, пока вода в фильтре чистая. В процессе работы вода быстро становится грязной и сама считается источником загрязнения выбрасываемого воздуха.
В связи с этим на выходе этих пылесосов ставят дополнительный бумажный фильтр, который на практике забивается грязью (ведь на выхлоп поступает мокрая мелкая пыль) и его при нормальной нагрузке приходится менять на новый (стоимость фильтра составляет как правило 70-100 рублей.) не реже одного раза в день — дополнительные затраты времени и денег.
При эксплуатации на выхлопе пылесоса на бумажном фильтре появляются коросты, нарушается целостность фильтра. В итоге — воздух на выхлопе не такой чистый, как обещает производитель водяных пылесосов, ведь технические показатели снимаются на начальных этапах работы пылесоса, когда фильтр совсем новый.
Проблемно убрать жидкости, содержащие пенообразующие, так как в процессе работы в водяном фильтре вода начинает пениться и уже ни о какой очистке не может идти и речи. Такие пылесосы совершенно непригодны для очистки от порошковой пыли, таких как мука, цемент, гипс, асбест и др. пыли, так как при контакте загрязнителя с водным фильтром образуется клейстер.
При низкой температуре окружающей среды пылесос перестает работать, так как главный очистной элемент — вода — замерзает. После окончания работы очистка камер фильтрации очень трудоемка, на эти процедуры затрачивается довольно много времени.
Существуют такие отрасли, где применение водяных пылесосов невозможно. Это отрасли, в помещениях которых недопустимо повышение влажности (сушильня, коптильня и т. д.), что неизбежно при применении пылесосов с водным фильтром.